Albert Einswein, błyskotliwy, choć nieco chciwy prosiak wizjoner, na pokładzie nowoczesnego pociągu prezentuje kilkorgu pasażerom cudowny wynalazek – magiczne nasiono, dzięki któremu rośliny mogą wyrosnąć w najbardziej niesprzyjających warunkach. Gdy nasiono znika, podejrzani stają się wszyscy pasażerowie. Słynna królicza detektywka Agata Christensen z pomocą Klary Muu i jej przyjaciela Gavina rozpoczyna śledztwo. Przesłuchania, zbieranie odcisków palców i dedukcja doprowadzą do całkowicie nieoczekiwanego finału.
„Zagadka Klary Muu” jest trzecią częścią przygód tytułowej bohaterki z Krowiego Wzgórza.